Selon la légende maison, un élixir de santé aurait été mis au point par un moine vénitien, Dom Bernardo Vincelli à l'abbaye de Fécamp en 1510.Alhimiste et herboriste, il aurait distillé des plantes médicinales qu'il trouvait en abondance sur le plateau cauchois. Le breuvage aurait été très apprécié par le roiFrançois premier. Au fil des ans, la recette initiale aurait été perdue, puis retrouvée en 1863 par le négociant en vin,Alexandre Le Grand.

Historiquement, il n'existe aucune trace monastique de l'existence d'un moine dénommé Bernardo Vincelli, ni du fait que François I^er ait apprécié un élixir provenant de l'abbaye de Fécamp. Une autre version explique en complément qu'à la dispersion de l'ordre des bénédictins lors de la Révolution française, le manuscrit contenant la formule est racheté par un notable de Fécamp en 1791 sans connaitre son contenu, et que ce document soit retrouvé dans la bibliothèque familiale par son lointain descendant Alexandre Le Grand en 1863. Sans doute plus précisément, il semble qu'Alexandre Le Grand ait concocté lui-même la liqueur, aidé d'un pharmacien, à partir de vieilles recettes médicinales qu'il possédait dans un livre, ayant appartenu à l'abbaye, un de ses aïeuls maternels ayant exercé la charge de procureur fiscal de l'abbaye. Alexandre Le Grand entreprit la création d'un nouveau « élixir de santé » qu’il baptise « Bénédictine ».

La Bénédictine est composée à partir de 27 épices orientales et de plantes locales où entrent l’angélique, l’hysope, le genièvre, la myrrhe, le safran, le macis, la fleur de sapin, l’aloès, l’armica, la mélisse, le thé, le thym, la coriandre, la girofle, le citron, la vanille, le zeste d’orange, le miel, les baies rouges, la cannelle et la noix de muscade ; elle titre à 40 % d'alcool.

Alexandre Le Grand se lance dans sa fabrication industrielle en construisant un « palais-usine » de style néo-gothique et néo-Renaissance, œuvre de l'architecte Camille Albert, le Palais bénédictine.

Le succès immédiat de la Bénédictine, dont la production atteint près de 150 000 bouteilles par an, dès 1873, oblige son créateur à lutter contre les contrefaçons de son produit. Chaque bouteille de Bénédictine est munie d’un bouchon portant l’inscription : « Véritable Bénédictine » tout autour, avec en dessous le sigle D.O.M. (Deo Optimo Maximo, latin pour : « À Dieu, le meilleur, le plus grand »), et une large ligature de plomb autour du col des bouteilles avec l’inscription : « Véritable † Bénédictine ». Le nom Bénédictine est déposé dès 1875.

La recette actuelle est toujours tenue secrète et il en existe trois exemplaires tenus cachés en trois endroits différents de la planète. Les alambics de cuivre que le visiteur peut apercevoir dans les locaux sont ceux d'origine du temps d'Alexandre Le Grand, toujours utilisés aujourd'hui pour la distillation. Le moelleux du produit fini nécessite plusieurs processus de distillation et environ deux ans de vieillissement en fût de chêne, toujours localisés dans le Palais de Fécamp. L'embouteillage, en revanche, se fait désormais dans l'usine du groupe Bacardi-Martini de Beaucaire, dans le Gard .

75 % de la production est exportée. Ses plus gros consommateurs sont les États-Unis, la Malaisie et Singap.